Po krátkém poválečném intermezzu přišel komunistický převrat v únoru 1948 a s ním mohutná perzekuce katolické církve. Arcibiskup Beran těsně před svou dlouholetou nezákonnou internací sloužil svoji poslední svobodnou bohoslužbu v katedrále 19. června 1949. Svatovítské varhany s prof. Antonínem Jandou při ní tehdy sehrály svoji symbolickou roli. Jednalo se o posunutou oslavu svátku sv. Jana Nepomuckého, kterou z obavy z protikomunistických demonstrací v tradičním termínu připadajícím na 16. květen úřady zakázaly. Jan Nepomucký byl chápán jako symbol věrnosti církvi proti světské moci a jeho oslav se před rokem 1948 každoročně zúčastňovaly tisíce věřících z celé země. Na slavnostní mši svatou, kde chtěl arcibiskup Beran přečíst Pastýřský list biskupů a ordinářů ČSR o spolupráci církve a státu, byl věřícím odepřen vstup do katedrály, kterou obsadili členové Lidových milic a příslušníci StB, kteří byli označeni v klopě červenými a modrými špendlíky.

Neoznačení věřící nebyli pouštěni dovnitř s tím, že už je plno. Komunisté čekali na to, až arcibiskup začne číst dopis. Jakmile pronesl: „Jsou zde mezi vámi provokatéři. Nedejte se nikým vyprovokovat. Jsou Vám před katedrálou rozdávány Katolické noviny. Prohlašuji, že to nejsou katolické noviny, právě tak jako Katolická akce není katolickou akcí,“ režimní kádry začali pískat, křičet a provolávat hesla. Arcibiskup řekl ještě: „Snad ještě platí zákony naší země, aby bohoslužby nebyly rušeny.“

Situaci se pokusil uklidnit varhaník prof. Janda, který začal hrát státní hymnu. Arcibiskup Beran následně bohoslužbu ukončil a v doprovodu bohoslovců vyšel ven, kde na něj čekali věřící, skandovali jeho jméno a následně jej doprovodili k Arcibiskupskému paláci. Místní vrátnice už byla ovšem obsazená a arcibiskupovi bylo oznámeno, že se může dostat ven pouze v doprovodu příslušníků StB.

Éra státního socialismu v Československu zásadním způsobem deformovala podmínky pro rozvoj varhanářství. Institucionální restrikce a centralizace průmyslu vedly k výraznému zpomalení technologické i umělecké inovace a v řadě případů také k nenávratné ztrátě historicky hodnotných nástrojů. Generace varhanářů vyučených ještě v meziválečném období, převážně v oblasti pneumatických traktur, byla následně izolována od západoevropského odborného prostředí, což znemožnilo přirozenou kontinuitu výměny poznatků a sledování moderních trendů. Soukromé varhanářské dílny byly v důsledku znárodnění buď zcela zrušeny, nebo integrovány do nově vzniklých národních podniků. Z nich jednoznačně nejvýznamnější byl krnovský závod Rieger–Kloss, který navázal na tradici firmy bratří Riegerů, kde německy mluvící zaměstnanci byli po válce na základě Benešových dekretů vyhnáni a továrna byla zabavena československým státem. Původní majitelé se v roce 1946 usadili v Rakousku a tam v Schwarzachu ve skromných podmínkách opuštěných dílen firmy Behmann založili novou společnost pod názvem Rieger Orgelbau, která úspěšně působí dodnes.

Druhým centrem české varhanářské výroby se stalo družstvo Organa v Kutné Hoře, které vzniklo sloučením tamních dílen Josefa Melzera a Jana Tučka. Varhanářský obor byl v daném období zásadně limitován nedostatkem vhodných materiálů, k nimž se řadí mimo jiné barevné kovy, exotické dřevo, jazykové píšťaly, kvalitní varhanářské kůže, elektrické komponenty atd. Materiálová nouze se kombinovala s podfinancováním celého oboru. Centralizovaný plánovací aparát národních podniků výrazně omezoval možnost zavádění progresivních technologických řešení, jakými byly modernizované zásuvkové vzdušnice, pokročilejší formy elektropneumatické traktury, preciznější typy měchových regulátorů nebo diferencované škály menzur. Tlak na unifikaci výroby vedl ke standardizaci konstrukčních schémat a k potlačení individuálního rukopisu jednotlivých mistrů. Výsledkem byla produkce typově homogenizovaných nástrojů s dominancí klasické pneumatické traktury, jejichž dispoziční i zvukové řešení jen minimálně reflektovalo domácí varhanářskou tradici. Tyto unifikované instrumenty se navíc stavěly ještě relativně nedávno.

Dalším dodnes patrným problémem, vzniklým po roce 1948, byl znatelný pokles počtu varhaníků. Učitelům, kteří byli od 18. století obvykle zároveň varhaníky a často řídili i kostelní sbory, bylo po komunistickém převratu zakázáno doprovázet varhanním doprovodem bohoslužby. Jejich úlohu vesměs převzali odvážnější lidé z řad věřících.283 V pražské katedrále byla díky vynikajícím osobnostem zachována varhanní hudba na vysoké úrovni, což už se bohužel často nedá říci o méně exponovaných chrámech, zvláště na venkově.

S Melzerovými varhanami se ve svatovítském chrámu v dobách socialismu nedělo téměř nic. Portativ Josefa Gärtnera, který byl ve dvacátých letech 20. století odstěhován ze Svatováclavské kaple do kaple sv. Anny v klášteře sv. Jiří na Pražském hradě, byl v roce 1954 na žádost Státní památkové péče navrácen na své původní místo. Na postu dómského varhaníka došlo během této epochy k jediné změně.

V roce 1961 zemřel prof. Antonín Janda, kterého nahradil Otto Novák. Tento vynikající hudebník, který působil v katedrále v letech 1961–1994, byl také zaměstnán jako varhaník pražských krematorií, a tento úvazek si udržel až do roku 2012. Kromě svatovítské katedrály doprovázel na varhany ještě bohoslužby u Svatého Jakuba na Starém Městě, což pro něj bylo bez vlastního automobilu zvláště o nedělích z logistického hlediska velmi náročné. Otto Novák považoval Melzerův nástroj za vynikající a pro katedrálu dostačující a prohlašoval, že pokládá za zbytečné postavit nový nástroj na západní kruchtě. Navíc pochyboval o možnosti šíření zvuku varhan od západní strany dómu až do presbytáře. Od něj tuto argumentaci převzali mnozí další, pročež se o stavbě nových varhan vůbec neuvažovalo. Jinak ale byla hudba v katedrále i díky Otto Novákovi provozována na vysoké úrovni, a byla zde provedena řada vynikajících skladeb. Každá slavnost a nedělní mše svatá za úřadování kardinála Františka Tomáška byla vždy figurální.